Unity公式マニュアルです。ご参考まで。
プレハブアセットを変更すると、その変更はすべてのインスタンスに反映されます。ただし、個々のインスタンスに直接変更を加えることもできます。直接変更を行うと、特定のインスタンスで インスタンスのオーバーライド が作成されます。
Inspector ウィンドウでは、インスタンスのオーバーライドは 太字 の名前ラベルで表示され、左側に青い線が表示されます。新しいコンポーネントをプレハブインスタンスに追加すると、青い線がコンポーネント全体に伸びます。
Overrides ドロップダウンウィンドウでは、個々のプレハブオーバーライドの適用/元に戻すを行ったり、または、すべてのプレハブオーバーライドの適用/元に戻すを行うことができます。
Apply - オーバーライドを適用し、プレハブアセットを変更します。これにより、オーバーライド (現在、プレハブインスタンスにのみ適用中) をアセットに適用します。これはつまり、プレハブアセットがその変更を持つことになり、プレハブインスタンスのオーバーライドとしての変更ではなくなることを意味します。
https://docs.unity3d.com/ja/2019.4/Manual/PrefabInstanceOverrides.html
https://docs.unity3d.com/ja/2019.4/Manual/EditingPrefabViaInstance.html
Applyできない理由はメッセージに出てます。
applying to a model prefab is not possible
GameObjectをHierarchyからAssetsへドラッグドロップしてPrefab化してください。
きゃわい